Уважаемый Евгений!
Для того, чтобы бегать, надо бегать, и больше ничего. Наметьте себе время, за которое вам нужно пробегать 3 км, и через день старайтесь покрыть эту дистанцию, увеличивая каждый раз скорость бега. Думаю, что через пару месяйцев вы побежите нормально.